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精工致善丨代謝通路分析
代謝通路分析的意義？
代謝通路分析技術(shù)將代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析結(jié)果與生物學(xué)知識相結(jié)合，將代謝物變化信息放入具有生物學(xué)意義的代謝通路上，從KEGG龐大的代謝通路數(shù)據(jù)庫中找到最應(yīng)該被關(guān)注的幾條差異代謝通路，為后續(xù)研究項目的深入開發(fā)及生物學(xué)意義的闡述指明方向。
如何進(jìn)行代謝通路分析？
1.進(jìn)入在線分析軟件
2.上傳數(shù)據(jù)
選擇離散類型，化合物名稱，行中的樣本，上傳要分析的數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊提交。
2.1準(zhǔn)備數(shù)據(jù)文件
①有樣本名和樣本分組信息，文件格式需為制表符分割的TXT文件或逗號分割的CSV文件。
②靶標(biāo)中不能有希臘字母α、β等，用alpha、beta等替換。
示例：
2.2檢查數(shù)據(jù)格式
①檢查數(shù)據(jù)格式，是否有非數(shù)值數(shù)據(jù)、缺失值或其它特殊字符和標(biāo)點(diǎn)符號，默認(rèn)將缺失值及零值替換為其對應(yīng)變量的最小正值的1/5。
②對于標(biāo)黃化合物名稱，應(yīng)先單擊“ View”進(jìn)行近似搜索，然后手動選擇正確的匹配項，點(diǎn)擊三個數(shù)據(jù)庫中下方代碼即可顯示該數(shù)據(jù)庫下相應(yīng)化合物的詳細(xì)信息，點(diǎn)擊繼續(xù)。
3.數(shù)據(jù)處理
3.1參數(shù)設(shè)置
可視化方法選擇散點(diǎn)圖，富集方法選擇全局測試，拓?fù)浞治鲞x擇中介中心性，參考代謝組選擇使用所選路徑庫中的所有化合物，人類KEEG數(shù)據(jù)庫，點(diǎn)擊繼續(xù)。
3.2結(jié)果下載
點(diǎn)擊下載即可下載所需要的結(jié)果。
4.圖形解讀
上圖為氣泡圖根據(jù)通路富集分析中的p值和通路拓?fù)浞治鲋械耐酚绊懼碉@示了所有匹配的通路，將鼠標(biāo)置于每個路徑節(jié)點(diǎn)上將顯示其路徑名稱，單擊節(jié)點(diǎn)將在右側(cè)面板上顯示對應(yīng)通路圖，縱坐標(biāo)-LOG(P)值由通路富集分析得出，-LOG(p)值越大顏色越紅（p值越�。M坐標(biāo)Pathway Impact值由通路拓?fù)浞治龅贸觯琍athway Impact值越大氣泡越大。-LOG(p)越大差異越明顯，Pathway Impact值越大代謝物在通路中作用越大，故處于右上角的通路最具有研究意義。
通路圖，把鼠標(biāo)置于每個代謝物節(jié)點(diǎn)上將顯示其通用名稱，單擊該節(jié)點(diǎn)將顯示所選化合物的箱型圖，顯示該物質(zhì)的名稱、Importance和DB Links等信息。
途徑中顏色：淺藍(lán)色表示這些代謝物不在數(shù)據(jù)中，用作富集分析的背景，其他顏色（從黃色到紅色）表示代謝物在數(shù)據(jù)中具有不同的顯著性水平。
5.繪圖平臺
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MetaboAnalyst是一個代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析的綜合平臺。當(dāng)前的MetaboAnalyst (V5.0)支持原始MS光譜處理、綜合數(shù)據(jù)歸一化、統(tǒng)計分析、功能分析、薈萃分析以及與其他組學(xué)數(shù)據(jù)的綜合分析。
